از زمان پیدایش مرجعیت عامه در میان شیعیان که سابقه‌ای حدودا 200 ساله دارد، قله اعتبار بخشی به معارف و مناسک مذهبی نهاد مرجعیت بوده است. پیش از آن علمای بلاد کانون چنین اعتباربخشی بودند و هریک در قلمرو خود مرجعیت محلی داشتند. انقلاب اسلامی با ایده ولایت فقها بر تشکیل حکومت نهاد جدیدی را به جامعه شیعیان معرفی کرد که پیش از آن سابقه نداشت و به لحاظ نظری نیز مناسبات آن با نهادهای سابق تبیین نشده بود. با گذشت 4 دهه از استقرار نظام ولایت‌فقیه همچنان مناسبات آن با احکام اولیه شرعی، مراجع تقلید، قانون عرفی، دیوانسالاری دولتی محل بحث و اختلاف نظر باقی مانده است. آنچه در میدان جامعه و سیاست ایران از روابط مقام رهبری با نهادهای سنتی و مدرن تجربه شده، تابع تشخیص و اراده کنشگران اصلی بوده و هنوز الگوی مدون و تثبیت شده‌ای نیافته، و از همین رو است که گاه و بی‌گاه اصطکاک‌هایی میان آنها پیدا می‌شود.
در شرایطی که نظریه ولایت فقیه تبیینی مقبول نزد عالمان دینی از روابط رهبر نظام اسلامی با دیگر کانون‌های ذی‌نفوذ در جامعه نیافته است، برخی عوامل میدانی با اتکا به ابزارهای رسانه‌ای، اقتصادی، قضایی و امنیتی در پی آن‌اند تا دیگر کانون‌های قدرت اجتماعی را در چارچوب اراده حاکمیت مهار نمایند. از همان دهه اول انقلاب، این فعالیت‌ها دوسویه ایجابی و سلبی داشته است. در سویه ایجابی به دنبال چهره‌سازی از روحانیون همسو و ارائه آراء و اندیشه‌های موید نظریه ولایت فقیه برآمدند و در سویه سلبی نیز شاهد طیفی از اقدامات علیه علما و مراجع تقلیدی بوده‌ایم که در مقام عمل و نظر با رای ویا عملکرد نظام اختلاف نظر داشتند. شدیدترین برخوردها را در حصر خانگی برخی مراجع شاهد بودیم، که بعضا با زمینه‌ای از یورش و تسخیر بیوت از سوی معترضان انجام گرفت. خفیف‌ترین اقدامات سلبی نیز اعتراض و پرخاش‌هایی بوده که در مطبوعات و خطبه‌های نماز جمعه سرزده است.
آنچه در مورد اخیر اتفاق افتاد اگرچه جزو خفیف‌ترین اقدامات سلبی به شمار می‌رود ولی آماج آن یکی از محترم‌ترین و همراه‌‌ترین مراجع تقلید با نظام اسلامی بوده است. ادبیات و لحن نوشته نیز تناسبی با محتوای منتشر شده از دیدار آیت الله صافی با رییس مجلس نداشت. شاید نویسنده جوان و کم‌تجربه چنین پنداشته بود که باید با برخوردی صریح و قاطع از همه کسانی که همچنان ایده تنش‌زدایی در سیاست خارجی را پیگیری می‌کنند، زهر چشمی گرفته شود. اما ناآگاهی از مناسبات حوزه و توهم حقانیت، نتیجه معکوسی به بار آورد و «سرکنگبین صفرا فزود». همگرایی اغلب شخصیت‌ها و طیف‌های حوزوی در پشتیبانی از مرجعیت چنان بود که برای حامیان نیز چاره‌ای جز سکوت باقی نگذاشت و واکنش نهادهای رسمی و کانون‌های اقتدار حوزوی و حکومتی، نویسنده را به عذرخواهی واداشت و رسانه منتشر کننده را روانه دادگاه کرد.
این واقعه می تواند فرصتی باشد برای نسل جوان طلاب انقلابی تا با بازخوانی تاریخچه مواجهه نسل‌های پیشین با نهادهای سنتی و ذی‌نفوذ روحانیت از آنها درس و عبرت بگیرند. این وقایع از ماجراهای کتاب شهید جاوید در دهه 50 آغاز شده و در دهه 60 بیشترین تواتر رخداد را داشته است. سرانجام افرادی که به خیال تقویت قدرت ولایت فقیه و نظام با مراجع تقلید درافتاده‌اند، پیش‌روی ماست و تکرار تجربه آنها جز پشیمانی ثمره‌ای نخواهد داشت؛ «من جرب المجرب حلت بها الندامة».
شوربختانه باید گفت غالب جوانانی که با انگیزه‌های بلند تمدنی وارد حوزه می‌شوند، در پیچ‌وخم برنامهی آموزشی ناهمساز حوزه فرسوده می‌شوند. آسیب‌های پیاپی که به ارزش‌های حوزوی در عصر تجدد وارد شده است، حوزه‌های علمیه را در برابر پذیرش تغییر محتاط کرده است. از این روست که برخی متولیان حوزه‌های علمیه در برابر هرگونه شرایط محیطی بدواً به نگاه تهدید می‌نگرند.